常任委員会・全国委員会
全国女性会の活動を円滑に進めるため、常任委員会と全国委員会が設置されています。
常任委員会は委員長、副委員長、書記、会計で構成されており、年間5～6回開催されています。
全国委員会は常任委員会のメンバーに加え、東北・関東・関西・内海の各部会の委員長、小委員会（JBまじわり編集委員）、超教派担当委員（NCC女性委員会、ACWC日本委員会）で構成されています。年に2回以上開催されます。
いずれの委員会にも陪席として幹事（実務担当者）が出席します。
小委員会
JB「まじわり」編集委員会
「まじわり」は全国女性会の機関誌（月刊誌と総会資料）として1959年に発刊されました。現在は、「JB」（日本バプテスト同盟の総合機関誌・月1回発行）の中に3ページが入っています。
まじわり編集委員会は、年間の掲載企画、執筆依頼、編集校正を担当し、全国女性会に連なる方々とのまじわり、情報の共有、学び合いを目的としています。一年間の恵みの報告、総会資料として「まじわり年会号」を毎年5月に別冊で発行しています。
高齢者委員会
2001年に高齢者プロジェクトとして発足、2002年に委員会になりました。人生の最期まで自分らしく生き、祈りをもって「生かされて生きる」日々を送れるように、ということを念頭に活動を行っています。
現在は、東北、関東、関西、内海の4地区でそれぞれ独自の活動を行っています。特に関西地区は、社会福祉法人キリスト教ミード社会舘の協力のもと、年に1回学び（認知症など）と介護などの実習を行っています。また、介護・福祉の資格取得の希望者に助成金を交付しています（年間最大5名）。
超教派
NCC（日本キリスト教協議会）女性委員会
エキュメニカルな運動を進めるため、12の教派と団体から派遣または推薦された委員で構成されています。各教派団体とのまじわりを通して、相互理解を深め、働きや目的の分かち合い、特に女性の人権にかかわる問題に関して、祈りと行動をもって協議し、和解と平和の活動に世界の女性たちと連帯することを目的に掲げ、活動を続けています。
また、世界祈祷日の式文編集などにも関わり、毎年3月第1金曜日に各地で世界祈祷日を開催しています。祈祷日献金は女性の働きのために捧げられています。
ACWC（アジア教会女性会議）日本委員会
1979年に日本委員会（東京）、1991年に関西支部が発足。アジアの教会女性たちと希望と課題を分かち合い、助け合い、共に祈る機会を得るために、日本代表のほか、7教派の代表2名ずつで構成されています。関西支部も7教派で構成されています。
毎年11月（関西支部は10月）に「一日研修会」を開催しています。
また、世界の平和と和解のための祈りと共にささげる「リーストコインの交わり」運動の窓口となっています。ACWCは草の根の教会女性の働きとなっています。
アジア学院訪問
1976年、捜真バプテスト教会から始まった活動です。現在は、全国女性会により、各教会・伝道所女性会の協力のもと行われています。
「ゆかた訪問」はアジア学院のプログラムとして定着し、毎年喜びの時間を共有できる訪問となり、ゆかたは学生たちが日本文化に触れる貴重な機会となっています。
アジア学院は、栃木県那須塩原市にあり、1973年の創立以来、アジア、アフリカ、太平洋諸国の農村地域から、その土地の人びとと共に働く「草の根」農村指導者（Rural Leader）を学生として招き、国籍、宗教、民族、習慣、価値観などの違いを認め、校正で平和な社会実現のために、実践的な学びを行っている学校です。
全国女性会が加盟している国際団体
ABWU（アジアバプテスト女性連合）
1956年東京で発足。58年に第1回大会をインド・カルカッタ（現コルカタ）で開催。5年ごとに大会を開催し、アジア各国のバプテスト女性の体験を通して、主にある大きな力と喜びを証しし、まじわりを深めます。第10回大会が2004年2月24日～28日に沖縄で開催されましたが、その時は沖縄バプテスト連盟女性会（現沖縄バプテスト連盟女性部）、日本バプテスト女性連合、日本バプテスト同盟全国女性会が合同で大会を運営しました。
2018年8月29日～9月1日に第13回大会がマレーシア・ペナン島で開催、創立60周年を記念しました。2023年9月11日～14日に第14回大会がインドネシア・ジャカルタで開催されました。次回大会は2028年の予定です。
現在、ABWUは Women Help Women の活動を通してアジア各地で助けを必要としているところへの支援を精力的に行っています。
BWA Women（世界バプテスト連盟女性部）
全世界に広がるバプテスト女性が祈りと学びと交わりを通じ、世界宣教を目指して5年ごとに大会を開いています。2025年7月6日、7日に大会が開催予定です。
BWAW世界祈祷日が毎年11月の第1月曜日に設定されています。世界各地でプログラムを使用して世界祈祷日礼拝などが開催されています。世界祈祷日献金はBWA女性部やABWUの活動のために捧げられます。